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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  36 lines
  1. ******************************************
  2. * D-alanine--D-alanine ligase signatures *
  3. ******************************************
  4.  
  5. D-alanine--D-alanine ligase (EC 6.3.2.4) is  a  bacterial  enzyme  involved in
  6. cell-wall biosynthesis.   It   participates   in  forming  UDP-N-acetylmuramyl
  7. pentapeptide, the peptidoglycan precursor.
  8.  
  9. In Escherichia coli and related bacteria, there are two different D-ala--D-ala
  10. ligase  isozymes (genes  ddlA  and ddlB) [1].  In Enterobacterium faecium  and
  11. gallinarum, genes  vanA  and  vanC  encode  D-ala--D-ala  ligases  of  altered
  12. specificity, which  catalyze  ester  bond formations between D-ala and various
  13. D-hydroxy acids   [2].  They  are  required  for  resistance  to  glycopeptide
  14. antibiotics, such  as  vancomycin  which  inhibits  late  stages  in cell-wall
  15. synthesis.
  16.  
  17. These enzymes  are  proteins of      300  to 360 amino acids.  There  are many
  18. conserved regions,  of  which  we selected two as signature patterns. Both are
  19. Gly-rich and  could  be  involved in ATP-binding. The first pattern is located
  20. near the N-terminal extremity, the second in the C-terminal section.
  21.  
  22. -Consensus pattern: H-G-x(2)-G-E-D-G-x-[LIVMA]-[QS]-G
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Consensus pattern: L-G-x(2)-G-x-[AG]-R-[LIVM]-D
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  31.  
  32. [ 1] Zawadzke L.E., Bugg T.D., Walsh C.T.
  33.      Biochemistry 30:1673-1682(1991).
  34. [ 2] Dutka-Malen S., Molinas C., Arthur M., Courvalin P.
  35.      Gene 112:53-58(1992).
  36.